กระทั่งNational Bureau of Standards ซึ่งปัจจุบันเปลื่ยนชื่อเป็น National Institute of Standards and Technology( NIST ) ได้ประดิษฐ์นาฬิกา อะตอมเครื่องแรก โดยใช้แก๊สแอมโมเนีย ต่อมาก็มีการนำเอาธาตุไฮโดรเจน รูบิเดียมและซีเซียมมา ประดิษฐ์เป็นนาฬิกาอะตอม
นาฬิกาอะตอมที่ได้รับการเชื่อถือมากประดิษฐ์จากซีเซียม 133 โดยใช้จำนวนการสั่น พ้อง ของอะตอมซีเซียม133 ใน 1 วินาที มีหลักการทำงาน ตามขั้นตอนดังนี้
1. ทำการคัดเลือกอะตอมของซีเซียม133 ให้มีอะตอมที่มีการเปลี่ยนแปลง
พลังงานในhyperfine ชนิดเดียว โดยให้อะตอมผ่านไมโครเวฟ ที่ความถี่ที่เพียงพอ ทำให้อะตอมเกิดการเปลี่ยนแปลงพลังงานในhyperfine ของอะตอม
2. วัดจำนวนอะตอมที่มีการเปลี่ยนแปลงพลังงานใน hyperfine ของอะตอมที่
ี่ออกมาปลายทาง
3. ปรับคลื่นความถี่ของไมโครเวฟเพื่อให้อะตอมที่มีการเปลี่ยนพลังงานในระดับ hyperfine ออกมาที่ปลายทางมากที่สุด
4. อ่านที่เครื่องวัดและคำนวนได้ว่า อะตอมมีการสั่นพ้องเป็นจำนวน 9,192,631,770 ครั้ง ใน 1 วินาที
ดังนั้น นักวิทยาศาสตร์จึงกำหนดหน่วยของวินาทีในระบบ SI ว่า 1 วินาที มีค่าเท่ากับ อะตอมของธาตุซีเซียม133 เกิดการสั่นพ้องจำนวน 9,192,631,770 ครั้ง เวลาของนาฬิกาอะตอมนี้มีความเที่ยงตรงมากที่สุด เพราะในหนึ่งล้านปี เวลาของนาฬิกาอะตอมจะมีความคลาดเคลื่อนเพียง 1 วินาที